Ptolemeusz VIII werbował najemników na wojnę z rodzeństwem, ale nie mógł jej rozpocząć bez zgody i wsparcia Rzymian. Dlatego też po zamachu na jego życie, w 156/155 r. p.n.e., zapisał on Rzymowi w tzw. Testamencie Euergetesa swój (bliżej nieokreślony) kraj na wypadek bezpotomnej śmierci. W 154 r. p.n.e. otrzymał jedynie symboliczne wsparcie Rzymu, a potem został pojmany przez Ptolemeusza VI na Cyprze. W 153 r. p.n.e. zatwierdzono podział kraju z roku 163 p.n.e. Zatem Kleopatra znowu rządziła Egiptem z mężem od lata 163 r. p.n.e. do jego śmierci w 145 r. p.n.e. Swoje panowanie legitymizowała i zabezpieczała różnymi sposobami: ogłaszaniem amnestii, regularnym organizowaniem święta noworocznego w Memfis, udziałem w składaniu ofiar, odwiedzaniem świątyń i uczestnictwem na synodzie kapłańskim w 161 r. p.n.e. W lipcu 145 r. p.n.e. zmarł jej brat-mąż, a ona została regentką w imieniu syna, Ptolemeusza VII. Ale Fyskon nie zadowolił się Cyrenajką i zaczął walczyć o władzę w Egipcie oraz o małżeństwo z Kleopatrą. Ta próbowała stawić mu opór wykorzystując życzliwość niektórych grup intelektualnych w Aleksandrii i Żydów aleksandryjskich. Kleopatra II i Ptolemeusz VI cieszyli się popularnością w tych środowiskach. Według Józefa Flawiusza, historyka żydowskiego, armią egipską dowodzili wtedy Żydzi Oniasz i Dositeos.