Niewiele to pomogło, ponieważ mieszkańcy Aleksandrii zażądali od niej zawarcia małżeństwa z Fyskonem. Stało się tak w 145/144 r. p.n.e. Ptolemeusz VIII zabił swego bratanka i potencjalnego rywala. Od tej pory Kleopatra II władała wraz z młodszym bratem. Młodszemu bratu urodziła ok. 144/142 r. p.n.e. syna Ptolemeusza Memfitesa. W 142 r. p.n.e. Ptolemeusz VIII wziął sobie za żonę Kleopatrę III, nie rozwodząc się jednocześnie z jej matką - trzeba jednak dodać, że zaręczono ją z wujem jeszcze w 154 r. p.n.e. dla utrwalenia zgody między braćmi. Małżeństwo Kleopatry II z młodszym bratem zostało najprawdopodobniej rozwiązane nie później niż w styczniu 140 r. p.n.e. W 141/140 Kleopatra III została trzecią współwładczynią Egiptu. Wtedy to jej matka została podniesiona do godności "Kleopatry Siostry", ale Ptolemeusz wyraźnie faworyzował młodszą żonę. W 132 r. p.n.e. podniosła bunt przeciwko bratu i córce i wygnała ich z Aleksandrii na Cypr i doprowadziła do obwołania przez Aleksandryjczyków królem ich syna, Ptolemeusza Memfitesa, który wtedy miał około 12 lat. Młody król został wysłany do Cyreny, skąd na Cypr wezwał go ojciec. Początkowo starał się go zjednać i nastawić przeciwko matce. Tymczasem Kleopatra w 130 r. p.n.e. ogłosiła się samodzielną władczynią Egiptu jako Kleopatra Bogini Kochająca Matkę (Filometor) Zbawczyni.