Jego przedstawiciele, jako sioguni, sprawowali rządy w państwie przez 250 lat. W pierwszej kolejności ograniczyli oni rządy cesarza, którego rola sprowadzona została jedynie do funkcji ceremonialnych.
Ogół obywateli został poddany ścisłej kontroli administracji centralnej, która poprzez system nakazów określała podatki, obowiązki, sposób zachowania się, ubierania i życia poszczególnych grup społeczeństwa. Chłopom nie wolno było zajmować się handlem i rzemiosłem, a mieszczanom nosić ozdób ze złota i srebra ani budować wysokich domów. Bogacili się natomiast kupcy, którzy zrzeszeni byli w gildiach. Możnowładcom nie wolno było utrzymywać własnych oddziałów samurajów ponad określoną ich liczbę. Wobec braku wojen warstwa samurajów szybko się kurczyła, a poza wojowaniem nie wolno im było zajmować się niczym innym.
Równocześnie, aby uchronić kraj przed wpływami zewnętrznymi, w tym głównie przed szerzeniem się chrześcijaństwa, w 1639 r. zamknięte zostały granice zarówno dla ludzi, jak i towarów (sakoku). Handel zagraniczny został znacznie ograniczony. Zezwolenie władz na wymianę handlową miały jedynie faktorie chińskie i holenderska na wysepce Dejima u wybrzeży Nagasaki.
Edo (dzisiejsze Tokio) w 1657 r. strawił trwający trzy dni pożar, w którym życie straciło około 100 tys.