Podczas IX Zjazdu PPS w Wiedniu (19–25 listopada 1906), nie mogąc przekonać większości delegatów, został wraz z całą grupą „starych” wykluczony z partii. Wraz z nimi wyjechał do Krakowa i wziął udział w tworzeniu PPS – Frakcji Rewolucyjnej.

W Polskiej Partii Socjalistycznej - Frakcja Rewolucyjna Na X (I) Zjeździe PPS-Frakcji (3–11 marca 1907) zgłosił swój projekt programu partii, który został jednak odrzucony na rzecz wersji przedstawionej przez Feliksa Perla. Wybrany do CKR, odmówił, ze względu na rozkonspirowanie uniemożliwiające podjęcie nielegalnej działalności w Królestwie. W czerwcu 1907 opuścił Warszawę i przeniósł się do Krakowa. Był tam wykładowcą w Szkole Bojowej PPS-Frakcji, Po rozłamie należał do przywódców i czołowych teoretyków PPS-Frakcji. Od 1908 do 1914 wchodził do CKR obok Józefa Piłsudskiego, Tytusa Filipowicza, Michała Sokolnickiego, Leona Wasilewskiego. Napisał wówczas m.in. Objaśnienie programu PPS (1908, 1913) i Program Rolny PPS (1910). Był redaktorem pierwszych numerów frakcyjnego „Robotnika” (listopad 1906 do początku 1907) i współpracownikiem teoretycznego pisma Frakcji „Trybuna” (1906–7) oraz frakcyjnego „Przedświtu”. Jako delegat PPS-Frakcji uczestniczył w kongresie II Międzynarodówki w Kopenhadze (23 sierpnia – 3 września 1910).