Dzięki temu Eboué mógł grać w Arsenalu do końca tego sezonu.

Emmanuel mocno przyczynił się do wygranych w Ligi Mistrzów przeciwko takim rywalom jak Real Madryt, Juventus F.C. czy Villarreal CF. Zadziwiające było, jak szybko dostosował się do tempa gry w Premiership oraz jak odporny był na presję i stres, jakie wywierać mogły na nim ważne rozgrywki Ligi Mistrzów. Arsene Wenger porównywał Eboué do legendarnego brazylijskiego skrzydłowego Garrincha, gdy ten zaimponował mu 1 kwietnia 2006 roku w meczu przeciwko Aston Villa.

Eboué wystąpił również 17 maja na Stade de France w finale Ligi Mistrzów przeciwko Barcelonie. Wystąpił solidnie, lecz nie uniknął krytyki (nawet od samego trenera Arsena Wengera) za symulowanie faulu przed polem karnym rywala, co spowodowało, że Arsenal dostał rzut wolny, którego w rezultacie na bramkę zamienił wówczas występujący w ekipie kanonierów Sol Campbell. Ekipie The Gunners ostatecznie nie udało się wygrać Ligi Mistrzów. Paryski finał przegrali 1:2. Gole dla Ekipy z Katalonii w przeciągu ostatnich 15 minut zdobyli Samuel Eto’o i Juliano Belletti.