W czerwcu 2006 BBC Newsnight podała, że transfer Eboué z Beveren do Arsenalu nie został dokonany zgodnie z przepisami FIFA. Chodzić tu miało rzekomo o kwestie finansowe, w rezultacie czego Eboué teoretycznie nadal pozostawał zawodnikiem Beveren. Całemu zamieszaniu zaprzeczało szefostwo Arsenalu jak i Beveren. Także sam zainteresowany wszystkiemu zaprzeczał. Ostatecznie FIFA przeprowadziła dochodzenie, jednak nie znalazła żadnych nieprawidłowości w transferze zawodnikahttp://www.kanonierzy.com/cadre_section-d,id-24_Kadra-Emmanuel-Eboue.shtml sekcja ciekawostki.
220px|mały|Eboué w barwach Galatasaray SK. Na początku sezonu 2006/2007 po świetnym początku piłkarz został wybrany piłkarzem września spośród zawodników The Gunners. Niestety na początku października występując w reprezentacji narodowej nabawił się kontuzji eliminującej go z gry do końca miesiąca. Na boisko wrócił 5 listopada wchodząc z ławki w meczu z West Ham United, wygranym przez Arsenal 1:0. Pierwsze pełne 90 minut po powrocie rozegrał przeciwko Evertonowi w ramach League Cup. Mecz ten odbywał się w tym samym tygodniu co ten z West Hamem. W meczu fazy grupowej Ligi Mistrzów przeciwko HSV Hamburg, wygranym przez Arsenal 3:1 zdobył swoją drugą bramkę dla Arsenalu w historii.