Kolejne rozgrywki Flamini rozpoczął od zdobycia zwycięskiej bramki w meczu eliminacyjnym Ligi Mistrzów z Dinamem Zagrzeb. Strzelał gole także w ligowych starciach z Liverpoolem, Chelsea i Blackburn Rovers. Mimo to w kwietniu 2007 roku przyznał, że jest niezadowolony ze swojej roli w klubie i możliwe, że latem zdecyduje się opuścić Arsenal. Ostatecznie Flamini odrzucił ofertę w wysokości 3 milionów funtów ze strony Birmingham City i pozostał w klubie.
Sezon 2007/08 Flamini, z powodu kontuzji Gilberto Silvy i Abou Diaby'ego, rozpoczął jako podstawowy gracz. W trakcie całych rozgrywek stworzył znaczący duet z Ceskiem Fàbregasem i na stałe wygryzł Gilberto z wyjściowej jedenastki. Flamini cieszył się poważaniem wśród kibiców Arsenalu, którzy napisali na jego cześć przyśpiewkę na melodię z motywu brytyjskiego serialu The Sweeney. 29 stycznia 2008 roku zdobył gola z 23 metrów w wygranym 3:0 ligowym meczu z Newcastle United. 8 kwietnia wystąpił w meczu Ligi Mistrzów z Liverpoolem, który to klub wyeliminował Arsenal z rozgrywek. Flamini odniósł podczas spotkania kontuzję i, jak się później okazało, był to jego ostatni występ w barwach klubu. W kwietniu 2009 roku udzielił wywiadu, w którym przyznał, że nadal jest kibicem Arsenalu i żywi do klubu szczególne uczucia: "Arsenal ciągle jest w moim sercu i zawsze tam będzie.