Rozbicie przez Gestapo struktur Młodego Lasu stało się możliwe dzięki współpracy z agentami, którzy rozpracowywali organizację od środka. Największe szkody organizacji przynieśli kurier, adiutant i zastępca Kozłowskiego Bernard Czołba oraz Zygmunt Skąpiński, działający odpowiednio w Brodnicy i Jabłonowie Pomorskim. Czołba na początku 1943 roku dołączył do organizacji, gdzie przyjął pseudonim „Topór”. 24 lub 25 stycznia 1943 roku w Brodnicy został aresztowany przez Gestapo. Podczas przesłuchania zdecydował się na zostanie agentem Gestapo, rozpracowującym działalność konspiracyjną na Pomorzu. Zdaniem Andrzeja Gąsiorowskiego Czołba wszedł do Młodego Lasu już jako agent. Skąpiński nawiązał współpracę z grudziądzkim Gestapo pod koniec lutego 1942 roku. Po latach przyznał, że zdecydował się współpracować z Gestapo na skutek wielokrotnych tortur podczas przesłuchania oraz z obawy o rodzinę.

W 1943 lub zimą 1944 roku Antoni Janowicz zdołał uniknąć aresztowania przez Gestapo, chowając się w lodowni. Wkrótce został ukryty w domu rodziców Bolesława Marczaka, gdzie spędził resztę wojny.