Pierwsze aresztowania członków Młodego Lasu miały miejsce w I połowie 1942 roku. W tym okresie został zatrzymany i zamordowany Aleksander Wiśniewski ps. „Ali”, który zdaniem Kozłowskiego miał być stracony w Dolinie Śmierci w Fordonie 9 maja 1942 roku. Po aresztowaniu Wiśniewskiego kierownictwo nad organizacją objął Narcyz Kozłowski.
W maju 1942 roku aresztowano Narcyza Kozłowskiego. Na skutek interwencji jego pracodawcy Ernsta Rudlafa został wypuszczony. Pozostał jednak pod obserwacją Gestapo. Po raz drugi został aresztowany 4 marca 1943 roku. Przebywał w więzieniach w Malborku, Brodnicy, Grudziądzu i Bydgoszczy. 26 kwietnia 1944 roku został osadzony w obozie koncentracyjnym Mauthausen-Gusen, a w późniejszym okresie przebywał również w podobozach w Melku i Linzu, gdzie doczekał się wyzwolenia przez wojska amerykańskie. Po aresztowaniu Kozłowskiego kolejnym dowódcą Młodego Lasu został Antoni Janowicz ps. „Ksiądz”.