Po dojściu do władzy Władysława Gomułki przeszedł z aparatu bezpieczeństwa do struktur Milicji Obywatelskiej, obejmując m.in. kierownictwo MO w Katowicach. W 1962 został podsekretarzem stanu w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych. W lutym 1963 otrzymał stopień generała brygady Milicji Obywatelskiej. Od 1964 do 1968 był zastępcą członka Komitetu Centralnego PZPR.
W tym czasie politycznie i towarzysko związany z Mieczysławem Moczarem. Jak sam podawał, ich wzajemne relacje uległy ochłodzeniu od 1967. Wiązane jest to z zacieśniającymi się relacjami Franciszka Szlachcica z Edwardem Gierkiem, widzianym przez część aparatu partyjnego jako następca Władysława Gomułki. W rezultacie Franciszek Szlachcic, po reorganizacji resortu spraw wewnętrznych, przestał być pierwszym zastępcą Mieczysława Moczara. Powierzono mu nadzór nad wywiadem SB. Nadzorując wywiad, dał się poznać jako zwolennik odmładzania kadry i nastawienia się na podniesienie poziomu intelektualnego tejże. Rozbudowano służby analityczne kosztem operacyjnych. Zwolennicy Franciszka Szlachcica w MSW nazywani byli „franciszkanami”. Według niektórych źródeł, jego polityka kadrowa polegała m.in. na wyprowadzaniu z wywiadu osób pochodzenia żydowskiego, komunistów przybyłych z Francji, oraz partyzantów z GL i AL.