Została ochrzczona 14 maja 1940 roku w kościele Holmen w Kopenhadze. Jej rodzicami chrzestnymi zostali: jej dziadek, Chrystian X (król Danii), jej stryj, Kanut (książę Danii), jej pradziadek, Artur (książę Connaught i Strathearn), a także: Axel (książę Danii), Gustaw V (król Szwecji), Gustaw Adolf (późniejszy król Szwecji jako Gustaw VI Adolf) oraz Gustaw Adolf (książę Västerbotten). mały|Małgorzata z młodszymi siostrami, Benedyktą i Anną Marią (1954) Małgorzata ma dwie siostry – Benedyktę (ur. 1944) i Annę Marię (ur. 1946).
Młodość Następcą tronu po jej ojcu był jej stryj, a zarazem ojciec chrzestny – Kanut. Ani narodziny Małgorzaty, ani jej dwóch młodszych sióstr – Benedykty i Anny Marii – nie zmieniły tego stanu rzeczy. Z racji tego, że Małgorzata była bardziej popularna od swojego stryja, rozpoczęły się dyskusje nad zmianą zapisów odnośnie do sukcesji, która wprowadzałaby równość płci w dziedziczeniu tronu i umożliwiłaby księżniczce zostanie królową po śmierci jej ojca. Folketinget (duński parlament) zaakceptował zmiany w prawie sukcesyjnym w 1953 roku. 13-letnia wówczas Małgorzata stała się następczynią tronu Danii. Stryj księżniczki, Kanut, nie był z tego powodu zadowolony.