Krokiem milowym w konsolidacji kolonialnej administracji okazało się uchwalenie w 1542 tzw. „Nowych Praw”, których podstawowym celem było wprowadzenie zmian w funkcjonowaniu encomiendas. Zgodnie z nowym rozporządzeniem wraz ze śmiercią ostatniego użytkownika wszystkie parcele miały wrócić do korony. Próba przeprowadzenia tak przygotowanej reformy nie powiodła się pod wpływem rewolty peruwiańskich encomenderos. Udała się jednak zakładana przez nowe ustawodawstwo centralizacja władzy, w wyniku której powołano do życia Wicekrólestwa Peru ze stolicą w Limie.
Struktura administracyjna Wicekrólestwa Peru thumb|left|Audiencje Wicekrólestwa Peru:(1) Panama(2) Santa Fe de Bogota(3) Quito(4) Lima(5) Charcas(6) Chile
Wicekrólestwo podzielone było na audiencje. Na Wicekrólestwo Peru składały się początkowo audiencje Panamy (1535) i Limy (1542), jednak wraz z postępującym podbojem tworzono kolejne: w 1549 Santa Fe de Bogota, 1559 Charcas (dzisiejsza Boliwia), 1563 Quito, 1609 Chile i 1661 Buenos Aires.