W 1548 w Krakowie ożenił się z Elżbietą Szydłowiecką, córką Krzysztofa, kanclerza wielkiego koronnego. Doprowadził do ugody ze starszą siostrą żony Zofią i jej mężem Janem Tarnowskim zw. Amorem. Następnie zaangażował Senat do procesu spadkowego po teściu, wykluczając Krystynę Szydłowiecką ożenioną z Janem, księciem oleśnickim, z udziału w bogatych dobrach zw. „hrabstwem szydłowieckim”. Ostatecznie, w 1556 wraz ze śmiercią Krystyny otrzymał uchwałę Senatu wzbraniającą dziedziczenia dóbr w Koronie przez poddanych Rzeszy, czym wykluczył roszczenia Karola Krzysztofa, księcia ziębickiego.
Wraz z bratem stryjecznym, Mikołajem zw. Rudym, zaaranżował ślub jego siostry Barbary z królem. Znacząco umocnił tym swą pozycję na dworze. W 1551 Zygmunt II August nadał Mikołajowi Czarnemu przywilej chronienia w archiwum w Nieświeżu wszystkich dokumentów, dotyczących historii i praw Wielkiego Księstwa Litewskiego. W 1544 został mianowany marszałkiem, w 1550 kanclerzem wielkim litewskim, kumulując najwyższe urzędy w państwie. W 1551 otrzymał godność wojewody wileńskiego.