Działalność polityczna Mikołaj Czarny prowadził politykę mającą na celu umocnienie pozycji Wielkiego Księstwa Litewskiego, które znajdowało się w unii z Polską; w 1561 doprowadził do włączenia Liwonii do Litwy. Wzmacniał również wpływy swojego rodu nawiązując niezależne od Korony kontakty polityczne z Habsburgami. Sprzeciwiał się unii lubelskiej i z powodu tej opozycji został odsunięty przez króla od wpływu na politykę.
Na sejmie bielskim 1564 roku był świadkiem wydania przywileju bielskiego przez króla Zygmunta II Augusta.
Protektor reformacji W 1553 Mikołaj Radziwiłł Czarny poparł Reformację i w wyniku tego porzucił katolicyzm. Początkowo zainteresował się luteranizmem, ale dwa lata później nawiązał korespondencję z wybitnymi teologami kalwinizmu, w tym z samym Janem Kalwinem. Około 1557 przyłączył się do Zboru (Kościoła) Reformowanego (kalwinizm), którego stał się najbardziej wpływowym protektorem w Rzeczypospolitej.