Pozostałe egzemplarze zostały zniszczone w okresie kontrreformacji; ocalało zaledwie 20 do 40 sztuk.
W 1926 jeden egzemplarz przekazano do zbiorów Muzeum Narodowego w Warszawie; inne (uszkodzone w różnym stopniu) znajdują się obecnie w muzeach lub bibliotekach uniwersyteckich (Archiwum Główne Akt Dawnych, Bibliotece Kórnickiej, Muzeum Ziemi Wieluńskiej (Dział Historii), Muzeum Podlaskie w Białymstoku (Biblioteka), Biblioteka Uniwersytetu Zielonogórskiego, Uniwersytet w Poznaniu, Ossolineum we Wrocławiu), Wojewódzka i Miejska Biblioteka Publiczna w Rzeszowie, Muzeum im. ks. Józefa Jarzębowskiego w Licheniu Starym oraz w zbiorach kościelnych i prywatnych.
W 2001 ukazał się reprint Biblii brzeskiej w niemieckiej serii Biblia SlavicaBiblia Święta to jest Księgi Starego i Nowego Zakonu, właśnie z Żydowskiego, Greckiego, i Łacińskiego, nowo na Polski język z pilnością i wiernie wyłożone, Biblia Slavica, Hrsg. von H. Rothe und F. Scholz unter Mitarbeit von Ch. Chanick und L. Udolph, Serie II: Polnische Bibeln, Band 2, Brester Bibel 1563, Teil 1: Stary Zakon, Teil 2: Księgi Nowego Testamentu. Kommentare, Ferdinand Schöningh, Padeborn – München – Wien – Zürich 2001.. W 2003 Kalwin Publishing wydał uwspółcześnioną transkrypcję Biblii brzeskiej.