Pomimo to dowództwo nie anulowało zamówień na nowy sprzęt i nakazało rozbudowę jednostki. 10 października 1944 roku IV/KG 101 został przeorganizowany i zmieniony w specjalna formację Einsatz-Gruppe III/KG 66. 20 października 1944 dowództwo podjęło decyzje o kolejnej reorganizacji. Stworzono w wyniku tej zmiany jednostkę II/KG 200, której zadaniem były wyłącznie loty na Mistelach. Całą formację utajniono, a jej przeznaczeniu nadano charakter priorytetowy. Ośrodek szkoleniowy tego pułku mieścił się z dala od frontu w Stavanger-Sola w Norwegii.
W grudniu 1944 roku rozpoczęto plan przenoszenia jednostki II/KG 200 do Danii w związku z planowanym zmasowanym atakiem lotnictwa niemieckiego na Scapa Flow. Do tego celu przygotowano 60 Misteli. Warunki pogodowe uniemożliwiły jednak zrealizowanie tego przedsięwzięcia.
Operacja Żelazny Młot Kolejną misją, w której miały wziąć udział Mistele, była operacja Eisenhammer (Żelazny Młot). Celem tego przedsięwzięcia było zbombardowanie radzieckich zakładów zbrojeniowych nad Wołgą i Donem. W styczniu 1945 roku na lotniska pod Merseburgiem i Rechlinem przyleciało 56 zestawów Misteli różnych wersji. Przygotowania do tego niezwykłego jak na okoliczności frontowe zadania były prowadzone do połowy marca 1945 roku.