Plany jego zostały jednak przerwane na wieść o utracie przez III Rzeszę Prus Wschodnich, z których to miał zostać przeprowadzony nalot. Zgromadzone na lotniskach samoloty – 200 bombowców i 56 Misteli padły łupem lotnictwa alianckiego.
Zastosowanie Misteli w ostatnich miesiącach wojny Zachowane od zniszczenia Mistele, które posiadał na swoim stanie II/KG 200, zostały przekazane do obrony Berlina. Dowódca pułku Werner Baumbach zdecydował się użyć ich do niszczenia mostów na Odrze i Nysie celem odcięcia dróg zaopatrzenia dla Armii Czerwonej. 7/8 marca 1945 cztery Mistele uszkodziły most pontonowy w Górzycy. 30/31 marca 1945 za ich pomocą zbombardowany został most kolejowy w Ścinawie. 8 kwietnia 1945 6 Misteli brało udział w nalocie na most w Warszawie. 26 kwietnia 1945 za pomocą 5 Misteli przeprowadzono atak na most w Kostrzynie nad Odrą. 30 kwietnia 1945 pozostałe 16 egzemplarzy Misteli II/KG 200 przeleciało do bazy w Peenemünde, celem jej obrony przed nacierającymi ze wschodu wojskami radzieckimi. Tego samego dnia odbyła się ich ostatnia misja w czasie II wojny światowej, której celem był most w Tantow.