Na terenie zakładu zbudowano schrony (największy pod budynkiem administracyjnym przy ul. Wybrzeże Kościuszkowskie 41) a wzdłuż Wybrzeża Kościuszkowskiego wykopano rowy przeciwlotnicze. 31 sierpnia 1939 roku pracowników elektrowni skoszarowano i ogłoszono pogotowie OPL.
II wojna światowa Podczas obrony Warszawy we wrześniu 1939 elektrownia została wielokrotnie ostrzelana przez Niemców, jednak pracownikom udawało się naprawiać niektóre uszkodzenia i utrzymywać zakład w ruchu. Ułatwiał to fakt, że wraz z unieruchamianiem kolejnych zakładów przemysłowych w mieście spadało zapotrzebowanie na energię elektryczną. Z początkowo dostępnych 8 turbogeneratorów i 28 kotłów pracowały 2 turbogeneratory i 3−4 kotły, a reszta stanowiła tzw. zimną i gorącą rezerwę. 7 września 1939 roku pracę zakładu zakłóciło wezwanie Romana Umiastowskiego, który wezwał mężczyzn zdolnych do noszenia broni do udania się na wschód. Część załogi, zwłaszcza ludzie młodzi, usłuchała apelu Umiastowskiego i opuściła miasto. W czasie ewakuacyjnej paniki zarekwirowano samochody należące do przedsiębiorstwa;