Nauczyciele szkolni po jej zamknięciu nauczali pokątnie w domach.

Sytuacja protestantów, którzy zeszli do podziemia, poprawiła się po 1707 r. – wtedy król szwedzki Karol XII i cesarz Józef I zawarli ugodę w Altranstadt, na mocy której postanowiono, że to co ewangelikom zostało odebrane, będzie im zwrócone, że będą mogli wznosić własne szkoły i powoływać tylu księży ile będzie potrzebne do pracy duszpasterskiej. Nikt od tej pory nie mógł być zmuszany do udziału w nabożeństwach katolickich. Na mocy tejże ugody wybudowano sześć „kościołów łaski”, w tym w Cieszynie. Książę pszczyński niósł bardzo wydatną pomoc przy jego budowaniu. Od tej pory pszczyńscy ewangelicy uczęszczali na nabożeństwa do oddalonego o ok. 50 km kościoła Jezusowego. Książę zatrudnił tam nawet osobnego kaznodzieję dla swoich poddanych – ks. Andrzeja Machala. W związku z ugodą książę Erdmann Promnitz rozpoczął również w 1709 r. starania o zgodę cesarską na budowę kościoła ewangelickiego w Pszczynie. Uzyskał ją dopiero po przyłączeniu miasta wraz z całym Śląskiem do królestwa pruskiego. Zgodę wydał w 1742 r. król pruski Fryderyk II Wielki i wkrótce rozpoczęto budowę świątyni. W tym samym roku powstała ponownie szkoła ewangelicka – początkowo nauczanie odbywało się w jedynie w języku niemieckim, potem także po polsku. 7 sierpnia 1746 r. konsekrowano kościół.