W 1961 roku zakończył studia i poślubił Irinę Katajewą – pianistkę i interpretatorkę jego dziełВ. Холопова, Композитор Альфред Шнитке, s. 54.. Do 1972 roku nauczał instrumentacji w konserwatorium moskiewskimТ.С. Урбах, Хроника жизни и творчества Альфреда Шнитке, Московский государственный институт музыки имени А.Г. Шнитке., zajmując się jednocześnie komponowaniem muzyki filmowej oraz teatralnejВ. Холопова, Композитор Альфред Шнитке, s. 141–142.. W okresie 1962–1996 napisał muzykę do blisko sześćdziesięciu filmów, co stanowiło istotne źródło utrzymania jego rodziny. Dzięki temu mógł swobodniej oddawać się komponowaniu dzieł muzyki poważnejВ. Холопова, Композитор Альфред Шнитке, s. 130–131.. W skład jego twórczości wchodzi m.in. dziesięć symfonii (ostatnia niedokończona), sześć concerti grossi, cztery koncerty skrzypcowe, trzy fortepianowe, dwa wiolonczelowe, koncert potrójny (na skrzypce, altówkę i wiolonczelę) oraz cztery kwartety smyczkowe i trzy operyСобрание сочинений Альфред Шнитке, Музыкальное Издательство „Композитор – Санкт-Петербург”. Ноты песен, книги.. Jego twórczość stała się znana za granicą w latach osiemdziesiątych XX wieku dzięki emigrującym artystom radzieckim, w szczególności skrzypkowi Gidonowi KremerowiВ. Холопова, Композитор Альфред Шнитке, s.