121–122, 149.. W 1985 roku Schnittke doznał udaru mózgu, po którym zapadł w krótkotrwałą śpiączkę. Po powrocie do zdrowia kontynuował prace kompozytorskieВ. Холопова, Композитор Альфред Шнитке, s. 199–200.. W 1990 roku – po otrzymaniu obywatelstwa niemieckiego – Schnittke wraz z żoną i synem Andriejem opuścił ZSRR i osiedlił się w Hamburgu. Powodami emigracji były zlecenia, jakie Schnittke zaczął dostawać w Niemczech: umowy z teatrami, zamówienia na nowe kompozycje oraz zaproszenia na wykładyВ. Холопова, Композитор Альфред Шнитке, s. 213.. Wyjazd na Zachód był ponadto uzasadniony względami medycznymi. Zdrowie Schnittkego pogarszało się nadal. Na cztery lata przed śmiercią, w 1994 roku, po trzecim udarze, został sparaliżowany prawostronnie i praktycznie zaprzestał komponowaniaВ. Холопова, Композитор Альфред Шнитке, s. 230.. Zmarł 3 sierpnia 1998 roku w Hamburgu, pochowany na Cmentarzu Nowodziewiczym w MoskwieВ. Холопова, Композитор Альфред Шнитке, s. 237..