Ponowne otwarcie nastąpiło uczelni nastąpiło jesienią 1908 roku przy zachowaniu języka rosyjskiego jako wykładowego. Jednocześnie na miejsce zdymisjonowanego dyrektora Instytutu Aleksandra Lagioro mianowany został Włodzimierz Amalicki, który otrzymał tytuł rektora.
Podczas I wojny światowej, w czasie bieżeństwa, uczelnia na polecenie rektora Włodzimierza Amalickiego w czerwcu 1915 roku wraz z wyposażeniem i kadrą naukową została ewakuowana w głąb Imperium Rosyjskiego, najpierw do Moskwy, następnie do Rostowa nad Donem, a ostatecznie do Niżnego Nowgorodu, gdzie dotarła większość pracowników i majątku ruchomego Instytutu. To pozwoliło na utworzenie w tym mieście politechniki. W czerwcu 1917 roku Rząd Tymczasowy Rosji wydał zarządzenie, na mocy którego Instytut Politechniczny w Warszawie został zamknięty.