Pod koniec XVII w. przebudowano gotycką kaplicę św. Jacka, znajdującą się po północnej stronie prezbiterium.
W 1813 wskutek rosyjskiego ostrzału miasta klasztor całkowicie spłonął. Dwadzieścia jeden lat później, w 1834 nastąpiła kasata zakonu, a dominikanie zostali zmuszeni do opuszczenia miasta. Zrujnowane zabudowania klasztorne ostatecznie wyburzono. Przy kościele powstała parafia katolicka (jedna z czterech w ówczesnym Gdańsku).
thumb|left|Bazylika z otoczeniem thumb|Portal mały|Widok z tyłu thumb|Nawa główna
W 1929 decyzją papieża Piusa XI kościół otrzymał tytuł Bazyliki Mniejszej. Z tej okazji świątynia została obdarzona papieskim umbraculum o wysokości (z drzewcem) prawie 390 cm i rozpiętości 235 cm. Uznane po 1945 za zaginione, zostało odnalezione w czasie prac ratunkowych w grudniu 2019Sensacyjne odkrycie w gdańskim kościele. Dominikanie znaleźli papieski parasol.; w 2021 przeprowadzono restaurację uszkodzonego przez grzyb zabytkuZbiórka pieniędzy na naprawę papieskiego parasola. Zniszczyły go grzyby i pleśń.Rozpoczęła się konserwacja papieskiego parasola odkrytego w Gdańsku.Jego odkrycie było sensacją. Papieski parasol wrócił do kościoła św. Mikołaja w Gdańsku..