Ta gotycka budowla jako jedyna nie uległa zniszczeniu w trakcie działań II wojny światowej. Jedna z opowieści głosi, iż kościół św. Mikołaja został oszczędzony przez palących Gdańsk radzieckich żołnierzy ze względu na postać patrona, otaczanego przez prawosławnych Rosjan szczególną czcią. Według innej teorii ówczesny proboszcz przekupił czerwonoarmistów alkoholowym zapasem kościelnej piwnicy, aby ci nie splądrowali i nie spalili kościoła.
Pochodzący z 1697 r. dzwon z kościoła św. Mikołaja w czasie II wojny światowej znalazł się na cmentarzu dzwonów w Hamburgu, a po jej zakończeniu trafił do kościoła mariackiego w KasselCoś po mnie zostanie – 90. urodziny wielkiego gdańszczanina.. W 2025 został zwrócony gdańskiemu kościołowi.
W kwietniu 1945, po 111 latach przerwy, dominikanie znowu pojawili się w Gdańsku i zamieszkali przy swoim dawnym kościele. Przybyli tu głównie ze Lwowa, po ponownym zajęciu tego miasta przez ZSRR i wymuszonej przez reżim sowiecki ekspatriacji polskiego duchowieństwa i polskiej ludności. Przywieźli z tamtejszego kościoła dominikanów średniowieczną ikonę Matki Bożej Zwycięskiej, patronki tego miasta, która do dzisiaj znajduje się w kościele. Słynący cudami obraz był ofiarowany zakonowi dominikanów w 1260 przez Konstancję, żonę Lwa – księcia halicko-włodzimierskiego.