1 lipca 1751 roku, za zgodą papieża Benedykta XIV, arcybiskup lwowski Mikołaj Ignacy Wyżycki koronował cudowny obraz.
W późnych latach 60. kościół stał się siedzibą myśli opozycyjnej i niepodległościowej. Ojciec Ludwik Wiśniewski organizował wówczas spotkania dyskusyjne, w których uczestniczyli ówcześni licealiści z I Liceum Ogólnokształcącego im. Mikołaja Kopernika w Gdańsku, a późniejsi działacze opozycyjni i politycy, tacy jak Aleksander Hall, Arkadiusz Rybicki, Grzegorz Grzelak i Wojciech Samoliński.
W 2018 w dzwonnicy kościoła odkryto uważane od II wojny światowej za zaginione fragmenty barokowego obrazu Matki Boskiej z DzieciątkiemDariusz Gałązka Gdańscy dominikanie odnaleźli brakujące fragmenty barokowego obrazu..
31 października 2018 z powodu złego stanu (licznych pęknięć) sklepienia, zapadania się filarów i odkształcania posadzki południowej nawy, a także przesuwania się łuków, a w konsekwencji zagrożenia katastrofą budowlaną, kościół został zamkniętyMichał Tokarczyk Zabytkowy kościół w sercu Gdańska zamknięty do odwołania. Grozi mu katastrofa budowlana.Konserwator: inne zabytki zagrożone jak kościół św. Mikołaja.Katastrofa budowlana wisi nad kościołem w sercu Gdańska. Startuje akcja ratownicza..