Wiosną 2019 z powodu pojawienia się rys i ubytków południowej ściany prezbiterium i przechylania się sterczyn zamknięto chodnik przy ul. LawendowejPogorszył się stan kościoła św. Mikołaja w Gdańsku. Sypie się ściana, odgrodzono fragment ulicy.. 8 sierpnia 2020 kościół został otwartyKościół św. Mikołaja znowu otwarty dla wiernych i zwiedzających. Groziła mu katastrofa budowlana.Jarmark św. Dominika. Wierni wrócą w sobotę do kościoła św. Mikołaja., a 28 listopada 2020 ponownie zamknięty (do 30 listopada) – tym razem z powodu nałożenia na klasztor kwarantannyKoronawirus u gdańskich dominikanów. Zamknięto kościół św. Mikołaja..
Również w 2020 zakończono ratunkową renowację zachodniej elewacji bazyliki od ul. Pańskiej. Były to pierwsze prace przy murach świątyni od 1945Kościół św. Mikołaja w Gdańsku bez rusztowań. „Powstrzymano dalszą destrukcję”..
Architektura Bazylika św. Mikołaja jest trzynawową halą. Fasada zachodnia zakończona jest szczytem ozdobionym wnękowaniem i sterczynami. Kościół przykryty został potrójnym dachem, nad każdą nawą z osobna.