Wewnątrz sklepienia wspierają się na 10 ośmiobocznych filarach. Nawa północna przechodzi ku wschodowi w kaplicę św. Jacka, zaś południowa – w kaplicę św. Józefa pod wieżą i dalej w zakrystię. W podziemiach znajdują się krypty, udostępnione do zwiedzania w czasie Jarmarku Dominikańskiego.
Zabytkowa posadzka kościoła wykonana jest z odpornego na ścieralność, ale łamliwego wapienia olandzkiego. Na płytach znajdują się pozostałości prehistorycznych zwierząt łodzikowców, a także znaki wytwórców kamieniaBazylika św. Mikołaja. Georadar wykrył powietrze pod zabytkową posadzką..
Wymiary kościoła Długość naw – 37 m Wysokość nawy głównej – 16 m Długość prezbiterium – 25 m Szerokość prezbiterium – 9,30 m
Wyposażenie thumb|Belka tęczowa thumb|Ołtarz główny thumb|Prospekt organowy We wnętrzu zachowane jest bogate wyposażenie gotyckie, renesansowe, barokowe i rokokowe. Mimo że patronem kościoła jest opiekun żeglarzy, wewnątrz świątyni nie ma zbyt wielu elementów marynistycznych.