Silniki Zetec w ciągu 12 lat produkcji przeszły szereg modyfikacji. Egzemplarze początków produkcji można rozpoznać po aluminiowej pokrywie zaworów i aluminiowym kolektorze dolotowym. Wyposażone były w hydrauliczne popychacze zaworów, które w przypadku użycia niewłaściwego oleju potrafiły zawiesić zawór (zawór pozostawał w pozycji otwartej). Problem ten rozwiązano w 1995 przy okazji pierwszej modyfikacji silnika. Otrzymał on plastikowy kolektor dolotowy i system recyrkulacji spalin EGR znany z Mondeo. Zmieniono również nazwę na Zetec-E.
Kolejna modyfikacja odbyła się w 1998. Zetec-R, bo taką nazwę otrzymał silnik, został wyposażony w rozbudowaną miskę olejową, która pomogła zmniejszyć hałas i wibracje jednostki. Hydrauliczne popychacze zastąpiono mechanicznymi z płytkami regulacyjnymi oraz zastosowano dłuższe korbowody, połączone z niższymi tłokami. Zmodyfikowano pompę oleju, dlatego też filtr oleju przeniesiono na blok. Modyfikacji uległa również pompa wody.