Dyrektor generalny Ogrodów Pruskich thumb|left|Großer Tiergarten, Berlin W 1828 Lenné został jedynym dyrektorem Ogrodów, natomiast w 1845 dyrektorem generalnym Ogrodów Pruskich. Wówczas to przyjęty został w poczet honorowych członków berlińskiej Akademii Sztuk.
W 1840, krótko po objęciu tronu, król pruski Fryderyk Wilhelm IV zlecił Lennému projekt zagospodarowania przestrzennego Berlina. Jednym z jego największych osiągnięć w tej roli było zrealizowanie projektu kanału Luisenstädtischer, zbudowanego w 1852 pomiędzy kanałem Landwehr a Sprewą w Berlinie Kreuzbergu. Projekt bazował na planach szefa Urzędu Budowlanego Johanna Carla Ludwiga Schmida.
Mimo że związany z Berlinem i Poczdamem, Lenné nie zaniechał kontaktów ze swoimi ojczystymi stronami i znacząco przyczynił się do dalszego upiększenia Koblencji oraz tamtejszych terenów nad Renem, którymi zarządzał do 1861. Przywiązanie do swych dokonań nad Renem i Mozelą sprawiło również, że postanowił wybudować tu rezydencję (nazwaną na jego cześć Lenné-Haus), by spędzić w tym miejsce ostatnie lata życia. Zmarł jednak zanim udało mu się zrealizować to zamierzenie.