Po zakończeniu procesu w przedmiocie dyskwalifikacji Amerykanina, 22 września 2007 roku, zwycięzcą ogłoszono drugiego w klasyfikacji Óscara Pereirę UCI officially names Pereiro 2006 Tour champion, cyclingnews.com, 22 września 2007.
Czterech kolejnych amerykańskich kolarzy: Levi Leipheimer, George Hincapie, Christian Vande Velde i David Zabriskie zostało w 2012 roku zdyskwalifikowanych za doping. Hincapie i Vande Velde utracili wszystkie wyniki z lat 2004–2006, Leipheimer z lat 1999–2006 i lipca 2007, a Zabriskie z lat 2003–2006Six former Armstrong USPS teammates receive bans from USADA .
Drużyny W tej edycji TdF wzięło udział 20Les équipes du Tour de France 2006 drużyn: Discovery Channel Team CSC T-Mobile Ag2r Prévoyance Gerolsteiner Rabobank Davitamon-Lotto Phonak Lampre-Fondital Illes Balears-Caisse d’Épargne Quick Step-Innergetic Crédit Agricole Euskaltel-Euskadi Cofidis Saunier Duval-Prodir Française des Jeux Liquigas Bouygues Télécom Team Milram Agritubel