2 stycznia 2008 spółka stała się spółką akcyjną, a 1 grudnia 2008 przejęła od PKP Przewozy Regionalne obsługę międzywojewódzkich pociągów pospiesznych. Przy okazji opisanego przejęcia do spółki trafiły także: część taboru Przewozów Regionalnych, 4070 pracowników tej spółki i 1850 PKP Cargo. Posunięcie to spowodowało zwiększenie się liczby pasażerów z 14,7 mln (2008 rok) do 51,7 mln (2009 rok). Od tego czasu spółka notowała coroczny spadek liczby pasażerów, mimo że przez cztery wcześniejsze lata utrzymywała się tendencja wzrostowa. Spadek liczby pasażerów udało się zatrzymać dopiero w 2015 roku po wprowadzeniu do ruchu składów Pendolino oraz skróceniu czasów podróży pomiędzy największymi miastami. Od czasu przejęcia połączeń wojewódzkich przewoźnik zaczął przynosić straty. Trend ten został zatrzymany w 2016 roku, kiedy spółce udało się osiągnąć 48,4 mln zł zysku.
W grudniu 2010 miały miejsce ogromne opóźnienia pociągów związane z atakiem ostrej zimy oraz zmianą rozkładu jazdy. W związku z nimi doszło do odwołania wiceministra infrastruktury Juliusza Engelhardta, prezesa PKP Andrzeja Wacha i dyrektora technicznego PKP IC Dariusza Fidyta. Dodatkowo ze stanowiska zrezygnował prezes PKP IC Grzegorz Mędza.