Wszystko to wymusza zmiany w ofercie Intercity.
16 marca 2020 ze względu na trwającą pandemię COVID-19 przewoźnik rozpoczął sukcesywne zawieszanie realizowanych przez siebie połączeń, w efekcie czego w pierwszych dniach kwietnia przewoźnik realizował jedynie około 20% swojej standardowej oferty, a zawieszone były m.in. wszystkie połączenia międzynarodowe, Express InterCity Premium i Express InterCity. Doprowadziło to do spadku liczby kupowanych biletów o około 91%. W okresie od 20 marca do 5 kwietnia przewoźnik wraz z liniami lotniczymi LOT i przewoźnikiem autobusowym Polonus przeprowadził akcję #LOTdoDomu, w ramach której do Polski wróciły osoby, które utknęły za granicą ze względu na zamknięcie granic związane z pandemią. W ramach akcji przewoźnik zrealizował 68 dodatkowych kursów, w których z lotniska Chopina do domu powróciło ponad 3 tys. osób.