w 1364 zaczęto nauczać teologii
w XVI w. wprowadzenie nauk przyrodniczych
XVII w. – złoty wiek bolońskiej medycyny i jednocześnie zmniejszenie znaczenia uniwersytetu w Europie
w XVIII w. wraz z rozwojem rewolucji przemysłowej został zreorganizowany, przekształcony w uczelnię nowożytną, położono nacisk na nauki matematyczno-przyrodnicze, nowożytne nauki prawnicze, obowiązek pracy naukowo-badawczej dla profesorów i zapewnienie im stałych dochodów
w 2 poł. XIX w., wzorem niemieckich uczelni, nadano mu status uniwersytetu typu liberalnego
po II wojnie światowej był dwukrotnie zreorganizowany na wzór uczelni amerykańskich, wydziały podzielono na departamenty, wprowadzono wielostopniowy tok studiów, studia podyplomowe i doktoranckie, rozbudowano pracownie, laboratoria i instytuty.