Organami pomocniczymi uczelni są: Samorząd Studencki (Consiglio degli studenti), składający się z 33 przedstawicieli, Rada Pracowników Techniczno-Administracyjnych (Consulta del personale tecnico-amministrativo) złożony z 24 członków, Rada Dobroczyńców (Consulta dei sostenitori), Gwarant Studencki (Garante degli studenti) oraz Połączony Komitet Gwarancyjny (Comitato Unico di Garanzia).
Departamenty i szkoły Uniwersytet jest podzielony na 32 departamenty: +DepartamentDepartament (nazwa włoska)ObszarMedycyna specjalistyczna, diagnostyka i medycyna doświadczalna Medicina specialistica, diagnostica e sperimentale medycynaNauki biomedyczne i neuromotoryczne Scienze biomediche e neuromotorie medycynaNauki medyczne i chirurgiczne Scienze mediche e chirurgiche medycynaWeterynaria Scienze mediche veterinarie medycynaChemia "Giacomo Ciamician" Chimica "Giacomo Ciamician" nauki ścisłeChemia przemysłowa "Toso Montanari" Chimica industriale "Toso Montanari" nauki ścisłeFarmacja i biotechnologia Farmacia e biotecnologie nauki ścisłeFizyka i astronomia "Augusto Righi" Fisica e astronomia "Augusto Righi" nauki ścisłeMatematyka Matematica nauki ścisłeNauki biologiczne, geologiczne i środowiskowe Scienze biologiche, geologiche e ambientali nauki ścisłeNauki o jakości życia Scienze per la qualità della vita nauki ścisłeNauki o biznesie Scienze