Władze Głównym zarządzającym i prawnym przedstawicielem uniwersytetu jest rektor. Jego obowiązki obecnie (2021-2027) pełni Giovanni Molari. Wspiera go sześciu prorektorów, wśród nich wicerektor (prorettore vicario) prof. Simona Tondelli. Ich pieczy powierzone zostały następujące aktywności: cyfryzacja – prof. Rebecca Montanari, dydaktyka – prof. Roberto Vecchi, badania – prof. Alberto Credi, personel – prof. Giorgio Bellettini i relacje międzynarodowe – prof. Raffaella Campaner.
Senat Akademicki (Senato Accademico) składa się z 35 członków: rektora, 10 dyrektorów departamentów, 15 wykładowców i badaczy, 3 przedstawicieli personelu technicznego i administracyjnego i 6 przedstawicieli studentów.
Kwestiami finansowymi i zarządzaniem zajmuje się jedenastoosobowa Rada Administracyjna (Consiglio di Amministrazione). We władzach uniwersytetu znajdziemy również Kolegium Rewizorów (Collegio dei revisori dei conti), Komisję Ewaluacyjną (Nucleo di valutazione) i dyrektora generalnego (Direttore generale), które to stanowisko zajmuje dr Sabrina Luccarini.