Po podpisaniu II pokoju toruńskiego w 1466 roku Iława pozostała w granicach Prus Zakonnych, będących lennem króla Polski. Po zawarciu traktatu krakowskiego z zakonem (1525) Iława znalazła się w Prusach Książęcych, które pozostawały lennem I Rzeczypospolitej aż do podpisania traktatów welawsko-bydgoskich w 1657 roku. Podczas wojny polsko-szwedzkiej o ujście Wisły, mimo obrony przez kompanię kapitana Jakoba Morssa, miasto w 1628 roku zostało opanowane przez wojska szwedzkie. Od 1657 roku miasto znalazło się granicach niezależnych już Prus Książęcych, które w 1701 roku wraz z Brandenburgią utworzyły Królestwo Prus.
Od połowy XVI do połowy XVII wieku liczba ludności miasta nie przekraczała 600 osób. Wiek XVII to głównie liczne spory ze starostami oraz walka z częstymi pożarami (np. wielki pożar z 1706, który przetrwał tylko kościół Przemienienia Pańskiego oraz nieliczne domy). Wiele zniszczeń przyniosły także wojny polsko-szwedzkie i napoleońskie oraz wojna siedmioletnia. Rozbiory Polski nie spowodowały żadnych zmian w sytuacji politycznej Iławy, która już dużo wcześniej była w granicach Prus.