Na Oceanie Indyjskim Archangel jest ponownie zaatakowany przez siły ZAFT, w tym przez dowodzony przez Athrana Zalę oddział skradzionych z Heliopolis mobili. Ciężko uszkodzony okręt trafia do Orb, gdzie jest w tajemnicy naprawiony. W zamian za to wsparcie Kira pomaga rozwinąć system operacyjny dla mobili Orb, dostosowany do pilotów, którzy są Naturalni. Zaraz po opuszczeniu wód terytorialnych Orb Archangel jest zaatakowany przez oddział Athrana. W zaciętej bitwie Kira niszczy GAT-X207 Blitz, zabijając jego pilota (Nicol Amarfi). Athrun, zraniony śmiercią przyjaciela, jest zdeterminowany zabić Kirę. Przy następnym spotkaniu unieruchamia Strike'a i włącza urządzenie autodestrukcji w Aegisie. Pilot Buster Gundam Dearka Elsman dostaje się do niewoli. Ranny Athrun został znaleziony przez siły Orb i po rozmowie z Cagalli przekazany ZAFTowi. Kira zostaje uznany za zaginionego w akcji, ale w rzeczywistości trafia do PLANT pod opiekę Lacus Clyne.