Archangel po stracie Strike'a i myśliwca Sky Grasper pilotowanego przez Tolle Koeniga dociera do JOSH-A na Alasce (kwatera główna Sojuszu Ziemskiego). Flay, Mu La Flaga i Natarle Badgiruel zostają przeniesieni, a okręt jest włączony do sił obronnych Alaski. Gdy ZAFT rozpoczyna Operację Spitbreak, okazuje się, że jej celem jest JOSH-A, a nie jak przypuszczano Panama. Mu La Flaga wraca na Archangela z informacją o planowanej autodestrukcji bazy, mającej na celu zniszczenie większej części sił ZAFT. Powoduje to decyzję o opuszczeniu bitwy, jednakże okręt zostałby zniszczony gdyby nie interwencja Kiry w skradzionym przy pomocy Lacus mobilu ZAFT ZGMF-X10A Freedom. Po wydarzeniach na Alasce Archangel opuszcza Sojusz Ziemski i udaje się do Orb.
W koloniach, Lacus Clyne i jej ojciec, były Przewodniczący PLANT, zostają uznani za zdrajców i są ścigani na rozkaz obecnego Przewodniczącego, Patrica Zala (ojca Athrana). Partic Zala powierza Athranowi nowy mobil ZGMF-X09A Justice i wysyła go z misją odzyskania lub zniszczenia Freedom. Przed odlotem Athran spotyka się z Lacus, która kwestionuje jego motywy do udziału w wojnie.