Po tym odkryciu nakazał mycie rąk i przyrządów medycznych przed przystąpieniem do każdego badania. To już tak nie spodobało się studentom i personelowi, że udali się ze skargą do jego przełożonego – profesora Kleina. Ten był niezadowolony z ustaleń Semmelweisa, gdyż podważały one jego własne teorie dotyczące przyczyn gorączki połogowej. Tak więc 20 marca 1849 r. Semmelweis zadecydował, że nie będzie dalej pracował w wiedeńskim szpitalu powszechnym, i w październiku 1850 r. powrócił w rodzinne strony.

Ignaz Semmelweis był autorem dwóch ważnych prac z dziedziny położnictwa. W 1858 r. na łamach założonego przez jego przyjaciela Lajosa Markusovszkiego „Dziennika Medycznego” ukazał się jego artykuł zatytułowany Etiologia gorączki połogowej. W 1861 r. w Wiedniu opublikował po niemiecku pracę pod tytułem Die Ätiologie, der Begriff und die Prophylaxis des Kindbettfiebers (Etiologia, pojęcie i profilaktyka gorączki połogowej). Szczególnie ta druga publikacja spotkała się w środowisku lekarzy z dużym rozgłosem, głównie jednak negatywnym. Jeden z niemieckich lekarzy powiedział, że mycie rąk nie może zaszkodzić, ale lepiej jest dać chorej na przeczyszczenie lub wykonać upust krwi.