Plemię zostało zdziesiątkowane europejskimi chorobami, np. gruźlicą, na którą zmarła np. Demasduit, najsłynniejsza przedstawicielka plemienia. Inne czynniki, które wpłynęły na jego zagładę, to utrata dostępu do ważnych źródeł żywności z powodu konkurencji z europejskimi osadnikami oraz brutalne starcia z traperami i osadnikami. Ostatnią przedstawicielką Beothuków była kobieta o imieniu Shanawdithit, która zmarła na gruźlicę w 1829 w brytyjskiej niewoli (pod opieką), jednak osoby powołujące się na pochodzenie od Beothuków (Metysi), mieszkają do dziś w regionie. Mikmakowie zawsze utrzymywali, że Beothukowie nie wyginęli. Historie mówione sugerują, że kilku Beothuków przeżyło w rejonie rzeki Exploits i Twillingate oraz stworzyli związki z europejskimi kolonistami, Inuitami i Mikmakami. Niektóre relacje sugerują, że Beothukowie żenili się z wikingami i mogli mieć potomków w częściach dzisiejszej Islandii. mały|Suzannah Anstey (z domu Manuel) z Twillingate (1832–1911), córka Beothuki ‘Elizabeth’ wraz z mężem Samuelem Anstey (1832–1923) mały|Mary Pond (z domu Anstey) z Twillingate (1858–1895), wnuczka Beothuki znanej jako 'Elizabeth'