w budynku zostaje też wówczas urządzona cerkiew pw. św. Jerzego Zwycięzcy, znana też jako cerkiew Warszawskiego Okręgu Wojskowego – istniejąca w pałacu do 1915), rezydencji i kancelarii Naczelnika Rządu Cywilnego (w okresie czerwiec 1862–lipiec 1863), kancelarii i rezydencji naczelnika Komitetu Urządzającego ds. włościan w Królestwie Polskim (w latach 1864–1867), kancelarii i rezydencji naczelnika Warszawskiego Komitetu Cenzury (w latach 1864–1869 i 1871–1876), kancelarii Rady Głównej Opiekuńczej Zakładów Dobroczynnych (1868), kancelarii do składania próśb u podnóżka tronu (w latach 1868–1876) oraz komisji ds. oszacowania gruntów pod rozszerzenie esplanady cytadeli (1869).
W latach 1875-1876 miał miejsce remont oraz rozbiórka oficyn na tyłach pałacu (przy ul. Wierzbowej). W 1879 pozostająca część ogrodu została rozparcelowana, a przy pałacu została wytyczona ul. Kotzebue (obecna ul. Fredry). Następnie pałac pomieścił warszawski damski komitet towarzystwa Czerwonego Krzyża, w tym szpital dla żołnierzy w czasie wojny rosyjsko-tureckiej (w latach 1877–1878) oraz ekspozycje Muzeum Sztuk Pięknych i Muzeum Przemysłu i Rolnictwa (w latach 1881–1882).