do końca 2008 r., PKP CARGO było zorganizowane w: 19 zakładów taboru (Białystok, Bydgoszcz, Czechowice-Dziedzice, Czerwieńsk, Gdynia, Katowice, Kraków, Lublin, Łazy, Łódź, Nowy Sącz, Olsztyn, Ostrów Wielkopolski, Poznań, Skarżysko-Kamienna, Szczecin, Warszawa, Wrocław, Żurawica), 21 zakładów przewozów towarowych (Białystok, Bydgoszcz, Czechowice-Dziedzice, Gdynia, Jarocin, Jaworzno-Szczakowa, Kielce, Kraków, Legnica, Lublin, Łódź, Opole, Poznań, Rybnik, Skarżysko-Kamienna, Szczecin, Tarnów, Tarnowskie Góry, Warszawa, Wrocław, Zielona Góra), 2 zakłady przewozów i przeładunku (Małaszewicze i Przemyśl). Po zmianach w 2008 r., do 2010 r. PKP CARGO składało się z: 16 zakładów spółki (z siedzibami w: Białymstoku, Bydgoszczy, Gdyni, Katowicach, Krakowie, Lublinie, Łodzi, Nowym Sączu, Poznaniu, Przemyślu, Rybniku, Skarżysku-Kamiennej, Szczecinie, Tarnowskich Górach, Warszawie, Wrocławiu). Dalsze zmiany spowodowały zmniejszenie liczby zakładów PKP CARGO do dziesięciu.