Nazwy zakładów zostały powiązane z regionami: Zakład Północny z siedzibą w Gdyni, Zakład Śląsko-Dąbrowski z siedzibą w Katowicach, Zakład Wschodni z siedzibą w Lublinie, Zakład Centralny z siedzibą w Łodzi, Zakład Południowy z siedzibą w Nowym Sączu, Zakład Wielkopolski z siedzibą w Poznaniu, Zakład Zachodniopomorski z siedzibą w Szczecinie, Zakład Śląski z siedzibą w Tarnowskich Górach, Zakład Dolnośląski z siedzibą we Wrocławiu, Zakład Mazowiecko-Podlaski z siedzibą w Warszawie. Podział ten funkcjonował od 2010 r. do 2014 r.
W czerwcu 2014 r. przeprowadzono kolejny proces łączenia zakładów PKP CARGO, zmniejszając ich liczbę do siedmiu: Zakład Północny z siedzibą w Gdyni, Zakład Południowy z siedzibą w Katowicach, Zakład Wschodni z siedzibą w Lublinie, Zakład Centralny z siedzibą w Warszawie, Zakład Zachodni z siedzibą w Poznaniu, Zakład Śląski z siedzibą w Tarnowskich Górach, Zakład Dolnośląski z siedzibą we Wrocławiu.
Według zarządu PKP CARGO, nowy podział terytorialny spółki miał na celu zoptymalizować efektywność zarządzania.
Od 1 sierpnia 2025 r. Centrala Spółki oraz siedem Zakładów Spółki zostały połączone. Obowiązuje jeden pracodawca PKP CARGO S.A. w restrukturyzacji.