Podobne lokalne organizacje zawiązywane były nielegalnie w różnych regionach krajuRobert Wiraszka, Kalendarium ZHR 1989-2000, Warszawa 2001, ISBN 83-87899-80-1.. W środowisku „niepokornych” harcerzy narastał spór o dalszy kierunek działania: część instruktorów dążyła do reaktywowania ZHP w oparciu o statut z 1936 r., inni postulowali budowę nowej, niezależnej organizacji. Napięcia te doprowadziły do zwołania w dniu 12 lutego 1989 roku spotkania w podziemiach kościoła św. Andrzeja w Warszawie.
Powołanie i pierwsze lata organizacji – „Średni ZHR” Proces tworzenia ogólnopolskiego ZHR zainicjowało spotkanie 51 instruktorów Ruchu Harcerskiego Rzeczypospolitej (RHR) i innych środowisk alternatywnych w podziemiach kościoła św. Andrzeja w Warszawie, 12 lutego 1989 roku. Nazwy dla organizacji użyczył pomorski „Mały ZHR”. Powołano wówczas Komisję Organizacyjną, która podjęła prace nad statutem i rejestracją związku.
Komisję organizacyjną tworzyli: Monika Figiel, Marek Frąckowiak, Marek Gajdziński, Jarosław Janas, Grzegorz Nowik, Krzysztof Stanowski, Andrzej Suchocki, Kazimierz Wiatr, Wojciech Wróblewski i Jacek Zaucha.