Mimo zmiany systemu politycznego po wyborach czerwcowych 1989 roku, ZHR pozostawał organizacją jawną, lecz formalnie nielegalną ze względu na utrzymujący się ustawowy monopol ZHP na symbole i nazewnictwo harcerskie. Złożony 4 maja 1989 roku wniosek o rejestrację stowarzyszenia przez długi czas pozostawał nierozpatrzony. Przełom przyniosła nowelizacja prawa o stowarzyszeniach w 1990 roku, która zniosła te ograniczenia. 23 kwietnia 1990 roku Sąd Wojewódzki w Warszawie oficjalnie zarejestrował Związek Harcerstwa Rzeczypospolitej.
Kluczowym momentem dla wewnętrznej struktury i tożsamości związku był II Zjazd ZHR we Wrocławiu (30 listopada – 2 grudnia 1990 roku). Podjęto na nim decyzję o głębokiej reformie, polegającej na rozdziale organizacji na autonomiczne piony żeński i męski. Powołano wówczas: Organizację Harcerek, na której czele stanęła jako Naczelniczka hm. Bogusława Pasieka, Organizację Harcerzy, kierowaną przez Naczelnika hm. Tomasza Maracewicza. Przewodniczącym ZHR ponownie został hm. Tomasz Strzembosz.