Podczas uruchamiania systemu Mac OS X, Mac Pro nie wspiera SLI lub CrossFire, ograniczając jego zdolność do korzystania z najnowszych gier „high-end” karty graficznej produktów; jednak osoby zgłaszały sukces zarówno w instalacjach CrossFire, jak i SLI w systemie Windows XP, ponieważ zgodność SLI i CrossFire jest w dużej mierze funkcją oprogramowania. Przydział przepustowości gniazd PCIe można skonfigurować za pomocą narzędzia gniazda rozszerzeń dołączonego do systemu Mac OS X tylko w systemie Mac Pro z sierpnia 2006 r.
Łączność zewnętrzna thumb|Zdjęcie tyłu Power Maca G5 (po lewej) i Maca Pro (po prawej), które uwidacznia różnice w rozmieszczeniu konkretnych elementów. Różnice można zauważyć w przypadku wentylatorów oraz układów portów wejścia/wyjścia. W przypadku łączności zewnętrznej Mac Pro zawierał pięć portów USB 2.0, dwa FireWire 400 i dwa FireWire 800 (od końca 2006 r. do początku 2008 r.) oraz cztery porty FireWire 800 (od początku 2009 r. do połowy 2012 r.). Sieć była obsługiwana przez dwa wbudowane porty Gigabit Ethernet. Obsługa Wi-Fi 802.11 a/b/g/n (AirPort Extreme) wymagała opcjonalnego modułu w modelach z połowy 2006 r., początku 2008 r. i początku 2009 r. Natomiast w modelu z 2010 r. i późniejszych Wi-Fi było standardowe.