Bluetooth wymagał również opcjonalnego modułu w modelu z połowy 2006 r., ale był standardem na początku 2008 r. i w nowszych modelach. Wyświetlacze były obsługiwane przez jedną lub (opcjonalnie) więcej kart graficznych PCIe. Nowsze karty zawierały dwa złącza Mini DisplayPort i jedno podwójne złącze DVI (Digital Visual Interface), z różnymi konfiguracjami dostępnej pamięci graficznej na karcie. Dołączono cyfrowe (optyczne TOSLINK) audio i analogowe mini-jack 3,5 mm stereo dla wejścia i wyjścia dźwięku, te ostatnie stały się dostępne zarówno z przodu, jak i z tyłu obudowy. W przeciwieństwie do innych komputerów Mac, Mac Pro nie zawiera odbiornika podczerwieni (wymaganego do korzystania z pilota Apple).
Obudowa thumb|left|Porównanie elementów wewnętrznych komputera Power Mac G5 (po lewej) i Mac Pro (po prawej). Od 2006 do 2012 r. zewnętrzna obudowa aluminiowego komputera Mac Pro była bardzo podobna do obudowy komputera Power Mac G5, z wyjątkiem dodatkowej wnęki napędu optycznego, nowego układu portów wejścia/wyjścia z przodu i z tyłu i jednego otworu wylotowego mniej z tyłu. Obudowę można otworzyć, uruchamiając jedną dźwignię z tyłu, która odblokowuje jedną z dwóch stron maszyny, a także wnęki na napęd.