Zasiadł we władzach krajowych PO.

W 1997 prokurator skierował przeciw niemu do sądu akt oskarżenia, zarzucając, że jako minister przekształceń własnościowych miał działać na szkodę interesu publicznego i prywatnego, przekraczając uprawnienia i nie dopełniając obowiązków przy prywatyzacji na początku lat 90. dwóch krakowskich spółek Skarbu Państwa. W marcu 2005 sąd I instancji uniewinnił go od popełnienia tych zarzutów. W styczniu 2006 wyrok ten został uchylony, a sprawę skierowano do ponownego rozpoznania. Ostatecznie w marcu 2009 Sąd Okręgowy w Krakowie prawomocnie uniewinnił Janusza Lewandowskiego.

W okresie od kwietnia 2003 do kwietnia 2004 był obserwatorem przy Parlamencie Europejskim, a następnie europosłem V kadencji w ramach delegacji krajowej. W wyborach europejskich w 2004 został wybrany do PE VI kadencji z listy Platformy Obywatelskiej w okręgu gdańskim. Uzyskał 79 879 głosów (co stanowiło najlepszy wynik w regionie). Był przez 2,5 roku przewodniczącym komisji budżetowej Parlamentu Europejskiego, następnie objął funkcję jej wiceprzewodniczącego. W wyborach europejskich w 2009 skutecznie ubiegał się o reelekcję, ponownie wygrywając w swoim okręgu.