Akta angielskiego szpitala w Rzymie wskazują, że Cromwell przebywał w mieście w czerwcu 1514 r., natomiast Archiwa Watykańskie sugerują, iż był wysłannikiem Christophera Bainbridge’a, arcybiskupa Yorku, w którego imieniu przedkładał Rocie Rzymskiej sprawy dotyczące Anglii.
Małżeństwo i potomstwo Po powrocie do Anglii ok. 1515 r. poślubił Elizabeth Wyckes. Mieli troje dzieci: Gregory Cromwell (ok. 1520–1551) Anne Cromwell (zm. ok. 1529) Grace Cromwell (zm. ok. 1529).
Żona Cromwella zmarła na początku 1529 r., a jego córki prawdopodobnie wkrótce potem. Zabezpieczenie finansowe dla Anne i Grace zawarte w testamencie Cromwella, datowanym na 12 lipca 1529 r., zostało później wykreślone. Gregory zmarł na angielskie poty w 1551 r.
Thomas Cromwell miał także nieślubną córkę, Jane (ok. 1535–1580), o której młodości nic nie wiadomo. Według powieściopisarki Hilary Mantel: „Cromwell miał nieślubną córkę i poza faktem, że istniała, wiemy o niej bardzo niewiele. W aktach pojawia się sporadycznie i w niewiarygodnie niejasny sposób – jest w archiwach hrabstwa Chester”. Jane poślubiła Williama Hough (ok. 1527–1585) z Leighton w Wirral (hrabstwo Cheshire) około 1550 r..