thumb|upright|Zaślubiny Marii Większość prac z lat 1499–1504 to kompozycje o tematyce religijnej. Około 1499–1502 roku Rafael namalował Zmartwychwstanie Chrystusa. Około 1500–1501 powstały obrazy i . Autorem pierwszego obrazu jest z pewnością Rafael, drugiego jego autorstwo jest przypisywane. Madonny na obrazach Rafaela były pozbawiane boskości, uwagę widza kierował na ukazaniu intymnej relacji między matką a dzieckiem. Madonny na obrazach mają na sobie skromne szaty składające się w błękit (symbolizujący dziewictwo) i czerwień (symbolizujący przyszłą śmierć męczeńską Jezusa).
W latach 1502–1504 Rafael namalował: , , , , Madonnę Connestabile. Poza Madonnami w tym samym okresie Rafael namalował inne obrazy o tematyce religijnej: Ołtarz Colonny, (ok. 1502–1503), (ok. 1502–1503) oraz Ukrzyżowanie z dwoma aniołami, Matką Bożą oraz ze świętymi: Marią Magdaleną, Janem Ewangelistą i Hieronimem (1503–1504). Ostatni obraz z czasem zaczął być znany pod tytułem Ukrzyżowanie Monda.